AT2G38700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : mevalonate diphosphate decarboxylase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes mevalonate diphosphate decarboxylase, the enzyme that catalyzes the synthesis of isopentenyl diphosphate, used in sterol and isoprenoid biosynthesis. The protein appears to form a homodimeric complex. Incidentally, it was shown that the Arabidopsis MVD protein could also interact with its yeast homolog to form a heterodimer. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
mevalonate diphosphate decarboxylase 1 (MVD1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Diphosphomevalonate decarboxylase (InterPro:IPR005935), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568), GHMP kinase (InterPro:IPR006204), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup (InterPro:IPR014721); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GHMP kinase family protein (TAIR:AT3G54250.1); Has 1516 Blast hits to 1513 proteins in 678 species: Archae - 56; Bacteria - 877; Metazoa - 121; Fungi - 149; Plants - 60; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 253 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16180918..16183785 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45588.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 412 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEEKWVVMV TAQTPTNIAV IKYWGKRDEV RILPINDSIS VTLDPDHLCT LTTVAVSPSF DRDRMWLNGK EISLSGSRYQ NCLREIRSRA DDVEDKEKGI 101: KIAKKDWEKL HLHIASHNNF PTAAGLASSA AGFACLVFAL AKLMNVNEDP SQLSAIARQG SGSACRSLFG GFVKWNMGNK EDGSDSVAVQ LVDDKHWDDL 201: VIIIAVVSSR QKETSSTSGM RESVETSLLL QHRAKEVVPV RILQMEEAIK NRDFTSFTKL TCSDSNQFHA VCMDTSPPIF YMNDTSHRII SLVEKWNRSA 301: GTPEIAYTFD AGPNAVMIAR NRKVAVELLQ GLLYCFPPKP DTDMKSYVLG DTSIVKEAGL EGELPQGIKD KIGSQDQKGE VSYFICSRPG RGPVVLQDQT 401: QALLHPQTGL PK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)