AT2G38420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental)  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.944 What is SUBAcon? What is ASURE? SUBAcon computations |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT1G63130.1); Has 26299 Blast hits to 8886 proteins in 261 species: Archae - 3; Bacteria - 26; Metazoa - 362; Fungi - 517; Plants - 24480; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 911 (source: NCBI BLink). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16091093..16092454 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51599.80 Da | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 453 amino acids | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARSSSWHRM SNFMRKYRKI PHSSFKTKWN ENLKQKYAME ELRSNLLTDS ENASVMRTLL SSFQLHNCEP TPQAYRFVIK TLAKSSQLEN ISSVLYHLEV 101: SEKFDTPESI FRDVIAAYGF SGRIEEAIEV FFKIPNFRCV PSAYTLNALL LVLVRKRQSL ELVPEILVKA CRMGVRLEES TFGILIDALC RIGEVDCATE 201: LVRYMSQDSV IVDPRLYSRL LSSVCKHKDS SCFDVIGYLE DLRKTRFSPG LRDYTVVMRF LVEGGRGKEV VSVLNQMKCD RVEPDLVCYT IVLQGVIADE 301: DYPKADKLFD ELLLLGLAPD VYTYNVYING LCKQNDIEGA LKMMSSMNKL GSEPNVVTYN ILIKALVKAG DLSRAKTLWK EMETNGVNRN SHTFDIMISA 401: YIEVDEVVCA HGLLEEAFNM NVFVKSSRIE EVISRLCEKG LMDQAVELLA HLV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)