AT2G38290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ammonium transporter 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a high-affinity ammonium transporter, which is expressed in shoot and root. Expression in root and shoot is under nitrogen and carbon dioxide regulation, respectively. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ammonium transporter 2 (AMT2); FUNCTIONS IN: ammonium transmembrane transporter activity, high affinity secondary active ammonium transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: ammonium transport, response to nematode, cellular response to nitrogen starvation; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ammonium transporter (InterPro:IPR001905), Blood group Rhesus C/E/D polypeptide (InterPro:IPR002229), Ammonium transporter, conserved site (InterPro:IPR018047); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ammonium transporter 1;1 (TAIR:AT4G13510.1); Has 10296 Blast hits to 10279 proteins in 2052 species: Archae - 227; Bacteria - 4609; Metazoa - 555; Fungi - 427; Plants - 543; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3935 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:16039672..16042291 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50771.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 475 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGAYDPSLP EVPEWLNKGD NAWQLTAATL VGLQSMPGLV ILYASIVKKK WAVNSAFMAL YAFAAVLLCW VLLCYKMAFG EELLPFWGKG GPAFDQGYLK 101: GQAKIPNSNV AAPYFPMATL VYFQFTFAAI TTILVAGSVL GRMNIKAWMA FVPLWLIFSY TVGAYSIWGG GFLYQWGVID YSGGYVIHLS SGVAGFVAAY 201: WVGPRPKADR ERFPPNNVLL MLAGAGLLWM GWSGFNGGAP YAANLTSSIA VLNTNLSAAT SLLVWTTLDV IFFGKPSVIG AIQGMVTGLA GVTPGAGLIQ 301: TWAAIIIGVV SGTAPWASMM IIHKKSALLQ KVDDTLAVFY THAVAGLLGG IMTGLFAHPD LCVLVLPLPA TRGAFYGGNG GKQLLKQLAG AAFIAVWNVV 401: STTIILLAIR VFIPLRMAEE ELGIGDDAAH GEEAYALWGD GEKFDATRHV QQFERDQEAA HPSYVHGARG VTIVL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)