AT2G38120.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.500 plasma membrane 0.500 ASURE: golgi,plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transmembrane amino acid transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an auxin influx transporter. AUX1 resides at the apical plasma membrane of protophloem cells and at highly dynamic subpopulations of Golgi apparatus and endosomes in all cell types. AUX1 action in the lateral root cap and/or epidermal cells influences lateral root initiation and positioning. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AUXIN RESISTANT 1 (AUX1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Amino acid transporter, transmembrane (InterPro:IPR013057); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: like AUXIN RESISTANT 1 (TAIR:AT5G01240.1); Has 1256 Blast hits to 1251 proteins in 143 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 116; Fungi - 283; Plants - 825; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 32 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:15973493..15976792 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54062.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 485 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSEGVEAIVA NDNGTDQVNG NRTGKDNEEH DGSTGSNLSN FLWHGGSVWD AWFSCASNQV AQVLLTLPYS FSQLGMLSGI VLQIFYGLLG SWTAYLISVL 101: YVEYRARKEK EGKSFKNHVI QWFEVLDGLL GSYWKALGLA FNCTFLLFGS VIQLIACASN IYYINDHLDK RTWTYIFGAC CATTVFIPSF HNYRIWSFLG 201: LGMTTYTAWY LAIASIIHGQ AEGVKHSGPT KLVLYFTGAT NILYTFGGHA VTVEIMHAMW KPQKFKYIYL MATLYVFTLT IPSAAAVYWA FGDALLDHSN 301: AFSLMPKNAW RDAAVILMLI HQFITFGFAC TPLYFVWEKV IGMHDTKSIC LRALARLPVV IPIWFLAIIF PFFGPINSAV GALLVSFTVY IIPSLAHMLT 401: YRSASARQNA AEKPPFFMPS WTAMYVLNAF VVVWVLIVGF GFGGWASVTN FVRQVDTFGL FAKCYQCKPA AAAAHAPVSA LHHRL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)