AT2G38080.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Laccase/Diphenol oxidase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with similarity to putative laccase, a member of laccase family (17 members in Arabidopsis). Might be involved in cell wall biosynthesis. Mutants have a mild irregular xylem phenotype. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
IRREGULAR XYLEM 12 (IRX12); FUNCTIONS IN: laccase activity; INVOLVED IN: secondary cell wall biogenesis; LOCATED IN: endomembrane system, apoplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multicopper oxidase, type 3 (InterPro:IPR011707), Laccase (InterPro:IPR017761), Multicopper oxidase, type 2 (InterPro:IPR011706), Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Multicopper oxidase, copper-binding site (InterPro:IPR002355), Multicopper oxidase, type 1 (InterPro:IPR001117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: laccase 10 (TAIR:AT5G01190.1); Has 9472 Blast hits to 8326 proteins in 1422 species: Archae - 45; Bacteria - 3703; Metazoa - 467; Fungi - 3359; Plants - 1600; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 298 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:15934540..15937352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61530.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 558 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSHMVWFLF LVSFFSVFPA PSESMVRHYK FNVVMKNVTR LCSSKPTVTV NGRYPGPTIY AREDDTLLIK VVNHVKYNVS IHWHGVRQVR TGWADGPAYI 101: TQCPIQPGQV YTYNYTLTGQ RGTLWWHAHI LWLRATVYGA LVILPKRGVP YPFPKPDNEK VIVLGEWWKS DTENIINEAL KSGLAPNVSD SHMINGHPGP 201: VRNCPSQGYK LSVENGKTYL LRLVNAALNE ELFFKVAGHI FTVVEVDAVY VKPFKTDTVL IAPGQTTNVL LTASKSAGKY LVTASPFMDA PIAVDNVTAT 301: ATVHYSGTLS SSPTILTLPP PQNATSIANN FTNSLRSLNS KKYPALVPTT IDHHLFFTVG LGLNACPTCK AGNGSRVVAS INNVTFIMPK TALLPAHYFN 401: TSGVFTTDFP KNPPHVFNYS GGSVTNMATE TGTRLYKLPY NATVQLVLQD TGVIAPENHP VHLHGFNFFE VGRGLGNFNS TKDPKNFNLV DPVERNTIGV 501: PSGGWVVIRF RADNPGVWFM HCHLEVHTTW GLKMAFLVEN GKGPNQSILP PPKDLPKC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)