AT2G37220.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chloroplast RNA binding protein. A substrate of the type III effector HopU1 (mono-ADP-ribosyltransferase). Protein is tyrosine-phosphorylated and its phosphorylation state is modulated in response to ABA in Arabidopsis thaliana seeds. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, poly(U) RNA binding; INVOLVED IN: response to cold, response to abscisic acid stimulus, innate immune response; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chloroplast RNA-binding protein 29 (TAIR:AT3G53460.3); Has 997478 Blast hits to 497195 proteins in 22066 species: Archae - 21542; Bacteria - 603238; Metazoa - 188798; Fungi - 28200; Plants - 60491; Viruses - 70820; Other Eukaryotes - 24389 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:15634980..15636331 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30719.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 289 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAASASSLAL SSFNPKSLPF GVSRPASVSL LSPSLSFKLN SDSVSFSIAA KWNSPASRFA RNVAITSEFE VEEDGFADVA PPKEQSFSAD LKLFVGNLPF 101: NVDSAQLAQL FESAGNVEMV EVIYDKITGR SRGFGFVTMS SVSEVEAAAQ QFNGYELDGR PLRVNAGPPP PKREDGFSRG PRSSFGSSGS GYGGGGGSGA 201: GSGNRVYVGN LSWGVDDMAL ESLFSEQGKV VEARVIYDRD SGRSKGFGFV TYDSSQEVQN AIKSLDGADL DGRQIRVSEA EARPPRRQY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)