AT2G37000.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental)  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? What is ASURE? SUBAcon computations |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : TCP family transcription factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TCP family transcription factor ; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: chloroplast; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, TCP (InterPro:IPR005333), Transcription factor TCP subgroup (InterPro:IPR017887); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TCP family transcription factor (TAIR:AT1G58100.1); Has 346 Blast hits to 346 proteins in 27 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 346; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:15540390..15540956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20683.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 188 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIFQNVCRNE SNFNAIASES RSQTQFGVSK SSSSGGGCIS ARTKDRHTKV NGRSRRVTMP ALAAARIFQL TRELGHKTEG ETIEWLLSQA EPSIIAATGY 101: GTKLISNWVD VAADDSSSSS SMTSPQTQTQ TPQSPSCRLD LCQPIGIQYP VNGYSHMPFT AMLLEPMTTT AESEVEIAEE EERRRRHH |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)