AT2G36990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNApolymerase sigma-subunit F | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a general sigma factor in chloroplasts and is probably responsible for the recognition of sigma 70 type standard bacteria-type multi-subunit RNA polymerase (PEP) promoters in young cotyledons. It is a substrate for regulatory phosphorylation by cpCK2, a nuclear-coded plastid-targeted casein kinase 2, that has been implicated as a key component in plant sigma factor phosphorylation and transcriptional regulation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RNApolymerase sigma-subunit F (SIGF); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA polymerase sigma factor, region 2 (InterPro:IPR013325), Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), RNA polymerase sigma-70 region 3 (InterPro:IPR007624), RNA polymerase sigma-70 (InterPro:IPR014284), RNA polymerase sigma factor, region 3/4 (InterPro:IPR013324), RNA polymerase sigma factor, SigB/SigC/SigD, plastid (InterPro:IPR016262), RNA polymerase sigma-70 factor (InterPro:IPR000943), RNA polymerase sigma-70 region 2 (InterPro:IPR007627), RNA polymerase sigma-70 region 4 (InterPro:IPR007630); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNApolymerase sigma subunit 2 (TAIR:AT1G08540.1); Has 23918 Blast hits to 23899 proteins in 2801 species: Archae - 0; Bacteria - 17084; Metazoa - 1; Fungi - 2; Plants - 241; Viruses - 15; Other Eukaryotes - 6575 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:15537502..15540016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61800.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 547 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEATRNLVSS SPSFQTKTHL KSSYSSPSSV VMLHDQTTTP VVNSRHLNSL SRHFPASVLS QEPREESRPL SHALRDDRTS QLTLERRQFD ELVSSREDEK 101: FEQQLLHSTG LWNLLISPLT SETKLPAVVS PLADAELCDV VALAQKALSA SKQAALLVDD TEANPSDNIK DSLSTSSSMS LPEKGNIVRS KRQLERRAKN 201: RRAPKSNDVD DEGYVPQKTS AKKKYKQGAD NDDALQLFLW GPETKQLLTA KEEAELISHI QHLLKLEKVK TKLESQNGCE PTIGEWAEAM GISSPVLKSD 301: IHRGRSSREK LITANLRLVV HIAKQYQNRG LNFQDLLQEG SMGLMKSVEK FKPQSGCRFA TYAYWWIRQS IRKSIFQNSR TIRLPENVYM LLGKVSEARK 401: TCVQEGNYRP SKEELAGHVG VSTEKLDKLL YNTRTPLSMQ QPIWSDQDTT FQEITPDSGI ETPTMSVGKQ LMRNHVRNLL NVLSPKERRI IKLRFGIDGG 501: KQRSLSEIGE IYGLSKERVR QLESRALYRL KQNMNSHGLH AYADLLV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)