AT2G35000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.704 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
E3 ligase-like protein induced by chitin oligomers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: defense response to fungus, response to chitin; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: sperm cell, hypocotyl, root, stamen; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT1G35330.1); Has 9249 Blast hits to 9225 proteins in 281 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 2393; Fungi - 760; Plants - 4794; Viruses - 39; Other Eukaryotes - 1257 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:14751809..14752945 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41882.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 378 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAILDTKSSR WIPHNLLFLL LLLLLQSVPY GFGQTQTTPP GTTKTKPNDP VVVVITVLFL VIFFMVFGSI FCRRSNAQFS RSSIFRSTDA DAESQVVRIR 101: RLTARGLDAE AIETFPTFLY SEVKAVRIGK GGVECAVCLC EFEDDETLRL MPPCCHVFHA DCVDVWLSEH STCPLCRADL VLNQQGDDDD STESYSGTDP 201: GTISSSTDPE RGMVLESSDA HLLDAVTWSN SNITPRSKST GLSSWQITGI LFPRSHSTGH SLIQPAGNLD RFTLRLPDDV RRQLMKTSRT MGHVALLPQA 301: RSSRSGYRSG SVGSERSAFP YGRKSNNNNR RLHSLSFSFS FRSGSVRSTF SGDAPKNLPT SIEAGERSFE RLRPDERV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)