AT2G34980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.788 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphatidylinositolglycan synthase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative phosphatidylinositol-glycan synthase subunit C gene. It is involved in the first step of the glycosylphosphatidylinositol (GPI) biosynthetic pathway. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SETH1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase (InterPro:IPR009450); Has 335 Blast hits to 331 proteins in 171 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 120; Fungi - 117; Plants - 38; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 60 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:14748967..14749878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34202.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 303 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESNLAGDSI PGPKWRKVAY GGMQIGYDDN YTDESFLEEM VMNANVVRRD LLKVMKDSVS ISQYLCIVAL VVLVWVHTLE SSLDENSLLL LDLSLLASGF 101: LILLLTEEKM LSLSLLLRYL VNISFFTTGL YILAPIYQTL TRSISSDSIW AVTVSLLLLH LFLHDYSGST IRAPGALKTP NLTSCISVNA SIVASVFVAS 201: RLPSRLHVFA VMLFSLQVFL FAPLVTYCIK KFNFGLHLLF SFALMGLTLY SIYALHRLFF LVFLSLVLLV NVVCPYWLIR MQEYKFEING PWDEAKLCFD 301: ITD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)