AT2G34940.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : VACUOLAR SORTING RECEPTOR 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
VACUOLAR SORTING RECEPTOR 5 (VSR5); FUNCTIONS IN: calcium ion binding; INVOLVED IN: protein targeting to vacuole; LOCATED IN: integral to plasma membrane, Golgi transport complex; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protease-associated PA (InterPro:IPR003137), EGF-like calcium-binding, conserved site (InterPro:IPR018097), EGF-like calcium-binding (InterPro:IPR001881), Growth factor, receptor (InterPro:IPR009030); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: VACUOLAR SORTING RECEPTOR 6 (TAIR:AT1G30900.1); Has 10681 Blast hits to 5483 proteins in 264 species: Archae - 0; Bacteria - 175; Metazoa - 9320; Fungi - 5; Plants - 378; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 803 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:14740497..14743314 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69260.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 618 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSPSNKGTVL ALILALTMVV VNGFSSRFFV EKSSLTVLNS WEMGAKHDAA IANFGLPKYG GFMIGSVVYA GQDAYGCNSF NKTFNTKSPY PKILLIDRGV 101: CNFALKIWNG QQSGAAAVLL ADNIVEPLIT MDTPQDEDPD FIDKVKIPSA LILRSFGDSL KKALKRGEEV ILKMDWSESI PNPDERVEYE LWANTNDECG 201: VHCDKQIDFI KNFKGMAQIL EKGGYTLFRP HYISWVCPKE LLLSKQCRTQ CINQGRYCAL DTKQEFEDGY NGKDVVYENL RQLCVHKVAK EKNTSWVWWD 301: YVTDFNIRCS MKEKKYSREC AETIVESLGL SLEKIKKCIG DPDADVENEV LKAEEAFQLG QENRGIVTIF PTLMINNAQY RGKLERTAVL KAICSGFKER 401: TEPSICLNSD IETNECLIEN GGCWQDKRSN VTACKDTFRG RVCECPVVDG VQYKGDGYTS CKPYGPARCS MNNGDCWSET RKGLTFSSCS DSETSGCRCP 501: LGFLGDGLKC EDIDECKEKS ACKCDGCKCK NNWGGYECKC SNNSIYMKEE DTCIERRSGS RSRGLFTIVV LTAIAGISLG AYIFYKYHLQ SYMDSEIVSI 601: MSQYIPLDSQ SINQDSFK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)