AT2G34900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transcription factor GTE6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the BET subgroup of bromodomain proteins, a novel class of putative transcription factors. Its expression is induced during seed imbibition and downregulated during germination. Seeds of a loss-of-function mutant allele, imb1, show impaired cotyledon greening during germination in abscisic acid (ABA) and express higher levels of ABI5 protein than the wild type. Moreover, imb1 seeds are deficient in the phytochrome A (phyA)-mediated very-low-fluence response of germination. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
IMBIBITION-INDUCIBLE 1 (IMB1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor GTE6 (InterPro:IPR017413), Bromodomain, conserved site (InterPro:IPR018359), Bromodomain (InterPro:IPR001487); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: general transcription factor group E6 (TAIR:AT3G52280.1); Has 6743 Blast hits to 5369 proteins in 274 species: Archae - 2; Bacteria - 32; Metazoa - 4105; Fungi - 1178; Plants - 592; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 834 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:14723333..14725562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43444.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 386 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSVHVKEEPV LVPNCDVENT ELAVFNGNGE SELENFGTCV DEITDRVNQL EQKVVEVEHF YSTKDGAAQT NTSKSNSGGK KIAISQPNNS KGNSAGKEKS 101: KGKHVSSPDL MRQFATMFRQ IAQHKWAWPF LEPVDVKGLG LHDYYKVIEK PMDLGTIKKK MESSEYSNVR EIYADVRLVF KNAMRYNEEK EDVYVMAESL 201: LEKFEEKWLL IMPKLVEEEK KQVDEEAEKH ANKQLTMEAA QAEMARDLSN ELYEIDLQLE KLRESVVQRC RKLSTQEKKG LSAALGRLSP EDLSKALKMV 301: SESNPSFPAG APEVELDIDV QTDVTLWRLK VFVQEALKAA NKSSGGTNAQ NNNNTGTGEI NKNNAKRRRE ISDAINKASI KRAKKA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)