AT2G34450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : HMG-box (high mobility group) DNA-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
HMG-box (high mobility group) DNA-binding family protein; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; LOCATED IN: nucleus, chloroplast; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: High mobility group, superfamily (InterPro:IPR009071), High mobility group, HMG1/HMG2 (InterPro:IPR000910); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: high mobility group B3 (TAIR:AT1G20696.1); Has 3501 Blast hits to 2767 proteins in 283 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2368; Fungi - 291; Plants - 519; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 320 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:14527918..14529448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17499.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 151 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTKRAPKSGP LSPSCSGGSS RNLELAVKSS EGARRSTRLR LQPLRKPKTS PKKKPVKLQT KMPKKPATAF FFFLDDFRKQ YQEENPDVKS MREIGKTCGE 101: KWKTMTYEEK VKYYDIATEK REEFHRAMTE YTKRMESGAH DESETDSDYS E |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)