AT2G33870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RAB GTPase homolog A1H | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RAB GTPase homolog A1H (ArRABA1h); FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: protein transport, small GTPase mediated signal transduction; EXPRESSED IN: male gametophyte, flower, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Small GTPase (InterPro:IPR020851), Ras (InterPro:IPR013753), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579), Rab11-related (InterPro:IPR015595); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAB GTPase homolog A1I (TAIR:AT1G28550.1); Has 27076 Blast hits to 27025 proteins in 750 species: Archae - 25; Bacteria - 157; Metazoa - 14072; Fungi - 4066; Plants - 2934; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 5802 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:14337366..14338251 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24338.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 218 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGTYKAEDDY DYLFKVVLTG DSGVGKSNLL SRFTRNDFSH DSRSTIGVEF ATRSIQVDDK IVKAQIWDTA GQERYRAITS AYYRGAVGAL LVYDVTRHVT 101: FENVERWLKE LRDHTDANTV IMLVGNKADL NHLRAISTEE VKDFAERENT FFMETSALEA INVENAFTEV LTQIYRVVSK KALDAGDDPT TALPKGQMIN 201: VGSRDDVSAV KKSGCCAT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)