AT2G33120.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : synaptobrevin-related protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of Synaptobrevin -like protein family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
synaptobrevin-related protein 1 (SAR1); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: transport, vesicle-mediated transport; LOCATED IN: endosome, plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: male gametophyte, cultured cell, pollen tube; EXPRESSED DURING: M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Longin (InterPro:IPR010908), Longin-like (InterPro:IPR011012), Synaptobrevin (InterPro:IPR001388); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: vesicle-associated membrane protein 721 (TAIR:AT1G04750.1); Has 2435 Blast hits to 2434 proteins in 262 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 970; Fungi - 440; Plants - 608; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 417 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:14043785..14045337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24929.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 221 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQQSLIYSF VARGTVILVE FTDFKGNFTS IAAQCLQKLP SSNNKFTYNC DGHTFNYLVE NGFTYCVVAV DSAGRQIPMA FLERVKEDFN KRYGGGKAAT 101: AQANSLNKEF GSKLKEHMQY CMDHPDEISK LAKVKAQVSE VKGVMMENIE KVLDRGEKIE LLVDKTENLR SQAQDFRTQG TQMRRKMWFQ NMKIKLIVLA 201: IIIALILIII LSICGGFNCG K |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)