AT2G32290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-amylase 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
beta-amylase 6 (BAM6); FUNCTIONS IN: cation binding, beta-amylase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: cellulose biosynthetic process, carbohydrate metabolic process, polysaccharide catabolic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 14, conserved site (InterPro:IPR018238), Glycoside hydrolase, family 14 (InterPro:IPR001554), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, family 14B, plant (InterPro:IPR001371), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-amylase 5 (TAIR:AT4G15210.1); Has 842 Blast hits to 841 proteins in 166 species: Archae - 0; Bacteria - 87; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 690; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 65 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:13714643..13716906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66571.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 577 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTSVLGMMNP NLINGRNLHK GSSIFVQDKE TKKRVQWRLS IKEGSLRTHQ ATASSATEPK ATEFNTTTYE DKMLTNYVPV YVMLQLGVIT NDNVLENEES 101: LKKQLKKLKQ SQVDGVMVDV WWGIVESKGP KQYQWSAYRN LFAIVQSFGL KLQAIMSFHR CGGNIGDDVN IPIPKWVLEI GDSNPDIFYT NKSGNRNKEC 201: LSLSVDNLSL FRGRTAVEMY RDYMKSFREN MEDFISSGVI IDIEVGLGPA GELRYPSYSE TQGWVFPGIG EFQCYDKYLR SDYEEEVRRI GHPEWKLPEN 301: AGEYNSVPGE TEFFEYSNGT YLKEEGNFFL SWYSKKLLLH GDQILDEANK VFLGCKLKIA AKVSGIHWWY KTESHAAELT AGYYNLKNRD GYRAIAKIMR 401: RHHAILNFTC LEMKNTEQPA KAKSGPQELV QQVLSSGWRE GIEVAGENAL PRFDRNGYNQ IILNARPNGV NQDGKPRMFG FTYLRLSDKL LNEPNFSTFK 501: MFLKRMHANQ EYCSEPERYN HELLPLERSR NDESLEMFME ETEPFDPFPW LDETDMSIRP FESVLSLLRS TFLRKKS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)