AT2G32260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.689 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phosphorylcholine cytidylyltransferase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
phosphorylcholine cytidylyltransferase (CCT1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Cytidyltransferase-related (InterPro:IPR004821), Cytidylyltransferase (InterPro:IPR004820); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphorylcholine cytidylyltransferase2 (TAIR:AT4G15130.1); Has 2466 Blast hits to 2109 proteins in 632 species: Archae - 27; Bacteria - 791; Metazoa - 538; Fungi - 333; Plants - 250; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 522 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:13697645..13700241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38487.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 332 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNVIGDRTE DGLSTAAAAS GSTAVQSSPP TDRPVRVYAD GIYDLFHFGH ARSLEQAKLA FPNNTYLLVG CCNDETTHKY KGRTVMTAEE RYESLRHCKW 101: VDEVIPDAPW VVNQEFLDKH QIDYVAHDSL PYADSSGAGK DVYEFVKKVG RFKETQRTEG ISTSDIIMRI VKDYNQYVMR NLDRGYSRED LGVSFVKEKR 201: LRVNMRLKKL QERVKEQQER VGEKIQTVKM LRNEWVENAD RWVAGFLEIF EEGCHKMGTA IVDSIQERLM RQKSAERLEN GQDDDTDDQF YEEYFDHDMG 301: SDDDEDEKFY DEEEVKEEET EKTVMTDAKD NK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)