AT2G32000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA topoisomerase, type IA, core | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DNA topoisomerase, type IA, core; FUNCTIONS IN: DNA topoisomerase activity, DNA topoisomerase type I activity, DNA binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: DNA topological change, DNA unwinding involved in replication, DNA metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system, chromosome; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA topoisomerase, type IA, core (InterPro:IPR000380), DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding (InterPro:IPR003602), DNA topoisomerase, type IA, domain 2 (InterPro:IPR003601), DNA topoisomerase, type IA, central (InterPro:IPR013497), DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 (InterPro:IPR013826), Toprim domain, subgroup (InterPro:IPR006154), Toprim domain (InterPro:IPR006171), DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 (InterPro:IPR013824); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: topoisomerase 3alpha (TAIR:AT5G63920.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:13615999..13621563 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 97026.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 865 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANLLRVLMV AEKPSIALSI ASVLSHGQMS TRRGSTEVHE FDGMFRGFKA HYRVTSVIGH VFSVDFPEKY QNWATIDPQD LFDAPIIKKE SNPKAHICRH 101: LSNEARGCSY MVLWLDCDRE GENICFEVIE STGFDMKDSK RKVYRARFSS VTEKDISKAM DNLVEPNRDE ALAVDARQEI DLKVGVAFSR FQTSYFQGKY 201: QNLDCRVISY GPCQTPTLGF CVQRYMHINT FKPEKFWALR PYIRKDGYEL QLEWERRRLF DLEAATVFQK LVVEGRTAKV MDVSEKQEVK GRPAGLNTVN 301: LLKVASSALG FGPQTAMHLA ERLYTQGFIS YPRTESTAYP SSFDFTDTLR AQVSNPVWGG YVQRLLSDGF HMPKSGTDAG DHPPITPMRA ATEVMVGGDA 401: WRLYQYVCQH FLGTVSPNCK YIRTKVELSI GGETFHCTGQ RVTEKGFTAI MPWSAVDEKK LPSFLKGERI EVLRVELYEG NTAPPDYLTE SELISLMEKH 501: GIGTDASIAV HINNIGERNY VQVQSGRKMV PTALGITLIR GYQCIDPDLC LPDIRSFIEQ QITLVAKGQA DHSHVVQHVI QQFRRKFSYF VQQIEHMDAL 601: FEAQFSPLAD SGRALSKCGK CLRYMKHITA VPPRLFCGTC EEVYYLPQKG TVKLYKELTC PLDNFELVIY SVPGPEGKSF PLCPYCYNSP PFEGIDTLFG 701: ASKTPNAPAK TKTGAGMPCS LCPHPTCQHS VRNQGVCACP ECEGTLVLDP VSFPKWKLNC NLCSCIVLLP EGAHRITTTS NRCPECDSAI IEIDFNKKTT 801: PLENGATLHQ GCVLCDELLL SLVEVKHGRS FVRRGGRGRG RGRGRGRGGR RGSKSVDPKM SFRDF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)