AT2G30950.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FtsH extracellular protease family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Metalloprotease that functions in thylakoid membrane biogenesis. Involved in the repair of PSII following damaged incurred during photoinhibition. Forms a complex with VAR1. Mutants show a variegated phenotype, which decreases during development. Transcript and protein levels increase with light intensity. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
VARIEGATED 2 (VAR2); FUNCTIONS IN: metallopeptidase activity, ATP-dependent peptidase activity, ATPase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: photoinhibition, oxygen and reactive oxygen species metabolic process, thylakoid membrane organization, PSII associated light-harvesting complex II catabolic process, protein catabolic process; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M41, FtsH (InterPro:IPR005936), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA-type, conserved site (InterPro:IPR003960), Peptidase M41 (InterPro:IPR000642), Peptidase M41, FtsH extracellular (InterPro:IPR011546); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FTSH protease 8 (TAIR:AT1G06430.1); Has 42824 Blast hits to 40381 proteins in 3333 species: Archae - 1597; Bacteria - 18199; Metazoa - 4991; Fungi - 3835; Plants - 3350; Viruses - 34; Other Eukaryotes - 10818 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:13174692..13177064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 74161.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 695 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAASSACLVG NGLSVNTTTK QRLSKHFSGR QTSFSSVIRT SKVNVVKASL DGKKKQEGRR DFLKILLGNA GVGLVASGKA NADEQGVSSS RMSYSRFLEY 101: LDKDRVNKVD LYENGTIAIV EAVSPELGNR VERVRVQLPG LSQELLQKLR AKNIDFAAHN AQEDQGSVLF NLIGNLAFPA LLIGGLFLLS RRSGGGMGGP 201: GGPGNPLQFG QSKAKFQMEP NTGVTFDDVA GVDEAKQDFM EVVEFLKKPE RFTAVGAKIP KGVLLIGPPG TGKTLLAKAI AGEAGVPFFS ISGSEFVEMF 301: VGVGASRVRD LFKKAKENAP CIVFVDEIDA VGRQRGTGIG GGNDEREQTL NQLLTEMDGF EGNTGVIVVA ATNRADILDS ALLRPGRFDR QVSVDVPDVK 401: GRTDILKVHA GNKKFDNDVS LEIIAMRTPG FSGADLANLL NEAAILAGRR ARTSISSKEI DDSIDRIVAG MEGTVMTDGK SKSLVAYHEV GHAVCGTLTP 501: GHDAVQKVTL IPRGQARGLT WFIPSDDPTL ISKQQLFARI VGGLGGRAAE EIIFGDSEVT TGAVGDLQQI TGLARQMVTT FGMSDIGPWS LMDSSAQSDV 601: IMRMMARNSM SEKLAEDIDS AVKKLSDSAY EIALSHIKNN REAMDKLVEV LLEKETIGGD EFRAILSEFT EIPPENRVPS STTTTPASAP TPAAV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)