AT2G30650.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.971 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : ATP-dependent caseinolytic (Clp) protease/crotonase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATP-dependent caseinolytic (Clp) protease/crotonase family protein; FUNCTIONS IN: catalytic activity; INVOLVED IN: metabolic process; EXPRESSED IN: petal, leaf whorl, sepal, flower, pedicel; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Crotonase, core (InterPro:IPR001753); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase 1 (TAIR:AT5G65940.1); Has 32067 Blast hits to 32054 proteins in 2254 species: Archae - 421; Bacteria - 21939; Metazoa - 1258; Fungi - 833; Plants - 620; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:13053777..13056315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42258.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 378 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASHSQVLVE EKSSVRILTF NRPKQLNALS FHMVSRLLQL FLAYEEDPSV KLVVLKGQGR AFSAGGDIPP IVRDILQGKL IRGAHYFKVG YTLNYVLSTY 101: RKPQVSILNG IVMGGGAGLS TNGRFRIATE NTVFAMPETA LGLFPDVGAS YFLSRLPGFF GEYVGLTGAR LDGAEMLACG LATHFVPSIS LTALEAELYK 201: VGSSNQTFIS TILDAYAEYP HLNQHSSYHR LDVIDRCFSK RTVEEIFSAL EREVTQKPND WLLATIQALE KASPSCLKIS LRSIREGRLQ GVGQCLIREY 301: RMVCHVMKGD ISKDFVEGCR AVLIDKDRNP KWQPRRLEDV TDSMVDQYFE RVEDEEGWED LKFPPRNNLP ALAIAAKL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)