AT2G30600.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.999 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : BTB/POZ domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
BTB/POZ domain-containing protein; INVOLVED IN: cell adhesion; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Farnesoic acid 0-methyl transferase (InterPro:IPR022041), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), Coagulation factor 5/8 type, C-terminal (InterPro:IPR000421), BTB/POZ (InterPro:IPR013069), BTB/Kelch-associated (InterPro:IPR011705), Kelch related (InterPro:IPR013089), BTB/POZ-like (InterPro:IPR000210), Galactose-binding domain-like (InterPro:IPR008979); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: BTB/POZ/Kelch-associated protein (TAIR:AT2G46260.1); Has 6426 Blast hits to 6100 proteins in 155 species: Archae - 0; Bacteria - 3; Metazoa - 5211; Fungi - 25; Plants - 879; Viruses - 36; Other Eukaryotes - 272 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:13037410..13041475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 92179.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 809 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVAAKENKFL TVAPFECAWS DDLKFREAGR GCVAFDAFAH NDVTVVFREN VGTQHYHYKK DNSPHYIVII GSNRNRRLKI QVDGKSVVDE EASDLCRCSL 101: EFQSYWISIY DGLISIGKGR YPFQNLVFKW QDPKPNCNVQ YVGLSSWDKH VGYRNVSVFP VTHNHILLWK QVDCREVRGD ESGDEKVVEE GTGYDYEQWG 201: LGNFLESWQL SDTVFLVGEE EMDVPAHKVI LQASGNFPLR SSDGDVIQLR GVSYPILHAL LQYIYTGRTQ ILESELAPLR DLSSKFEVMS LVRQCEESID 301: HFKLSKTAFD SCRKVKLLCP ISHPLSGFMF PSAFPVDVGK LVKLYSTGEY SDIKIYLSDH SLTFQSHKVI LSLWSVAFAK MFTNGMSESH SSTIYLTDVS 401: PEAFKAMMNF MYSGELNMED TVNFGTELIH LLFLADRFGV VPLHQECCKM LLECLSEDSV CSVLQVVSSI SSCKLIEEMC KRKFSMHFDY CTTASLDFVL 501: LDQTTFSDIL ESADLTVTSE EKILNAVLMW CMKAEESHSW GVIDEMMNYA DPKSLFKERL QSLDDLLPHV RFSLLPYELL KRLENSNLSK EIPVFNRLLK 601: EAASFLTSGL ISPGNEPISR FQHRRSSFKE LQYIRDGDSN GVLHFVGTSY GSHQWVNPVL AKKINITSSS PTSRFTDPKA LASKAYAGTS FAGPRMEDGH 701: ISSWWVVDLG EEHQLMCNYY TFRQDGSRAF TRFWKFQGSM DGKTWTDLRV HEDDQTMCKA GQFASWPITA ANALLPFRFF RLVLTGPTAD TSTPWNFCIC 801: YLELYGYFR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)