AT2G28830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.725 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PLANT U-BOX 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
PLANT U-BOX 12 (PUB12); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, structural constituent of ribosome, rRNA binding, binding; INVOLVED IN: response to chitin; LOCATED IN: ubiquitin ligase complex, ribosome, intracellular; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L16 (InterPro:IPR000114), U box domain (InterPro:IPR003613), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Ribosomal protein L10e/L16 (InterPro:IPR016180), Armadillo (InterPro:IPR000225), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024), Ribosomal protein L16, conserved site (InterPro:IPR020798); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plant U-box 13 (TAIR:AT3G46510.1); Has 16927 Blast hits to 15027 proteins in 4135 species: Archae - 0; Bacteria - 5491; Metazoa - 1535; Fungi - 908; Plants - 5936; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 3054 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:12367001..12370608 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 106924.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 962 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKSEKHKLA QTLIDSINEI ASISDSVTPM KKHCANLSRR LSLLLPMLEE IRDNQESSSE VVNALLSVKQ SLLHAKDLLS FVSHVSKIYL VLERDQVMVK 101: FQKVTSLLEQ ALSIIPYENL EISDELKEQV ELVLVQLRRS LGKRGGDVYD DELYKDVLSL YSGRGSVMES DMVRRVAEKL QLMTITDLTQ ESLALLDMVS 201: SSGGDDPGES FEKMSMVLKK IKDFVQTYNP NLDDAPLRLK SSLPKSRDDD RDMLIPPEEF RCPISLELMT DPVIVSSGQT YERECIKKWL EGGHLTCPKT 301: QETLTSDIMT PNYVLRSLIA QWCESNGIEP PKRPNISQPS SKASSSSSAP DDEHNKIEEL LLKLTSQQPE DRRSAAGEIR LLAKQNNHNR VAIAASGAIP 401: LLVNLLTISN DSRTQEHAVT SILNLSICQE NKGKIVYSSG AVPGIVHVLQ KGSMEARENA AATLFSLSVI DENKVTIGAA GAIPPLVTLL SEGSQRGKKD 501: AATALFNLCI FQGNKGKAVR AGLVPVLMRL LTEPESGMVD ESLSILAILS SHPDGKSEVG AADAVPVLVD FIRSGSPRNK ENSAAVLVHL CSWNQQHLIE 601: AQKLGIMDLL IEMAENGTDR GKRKAAQLLN RFSRFNDQQK QHSGLEGKIN VQKNAFIFSL SSKFYRSESS KMQRFMFSRV VEHQRQISRG FLSLVPSLSP 701: TAVPAMSRFF PKITASDSTS SIPFFTPDFI NPKKTLEESL NNLEGLTCNQ AEREMYLFPQ INQQRLLNTT GSRFGQVLGT WQFRCTILPA RVNRVREVHE 801: TSNNEKKQQK QKSSVNEKKP KKKKKSSISD IPRRTKFQKH HRGRINKGVS SQGYICSRYA LQTLEPAWIT SRQIEAGRRA MTRNIGRGLT VRVHIFADKP 901: VTVRPPETRM GRGKGAPAFW VAVVKPGKII YEMGGVSEKV AREAISIAAS KLPAKTKFII SK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)