AT2G27190.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : purple acid phosphatase 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
secreted purple acid phosphatase precursor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
purple acid phosphatase 12 (PAP12); FUNCTIONS IN: protein serine/threonine phosphatase activity, acid phosphatase activity; INVOLVED IN: cellular response to phosphate starvation; LOCATED IN: plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Purple acid phosphatase, N-terminal (InterPro:IPR015914), Metallophosphoesterase (InterPro:IPR004843), Purple acid phosphatase-like, N-terminal (InterPro:IPR008963); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: purple acid phosphatase 10 (TAIR:AT2G16430.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11621400..11623438 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54125.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 469 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSRSDLKIK RVSLIIFLLS VLVEFCYGGF TSEYVRGSDL PDDMPLDSDV FEVPPGPNSP QQVHVTQGNH EGNGVIISWV TPVKPGSKTV QYWCENEKSR 101: KQAEATVNTY RFFNYTSGYI HHCLIDDLEF DTKYYYEIGS GKWSRRFWFF IPPKSGPDVP YTFGLIGDLG QTYDSNSTLS HYEMNPGKGQ AVLFVGDLSY 201: ADRYPNHDNN RWDTWGRFVE RSVAYQPWIW TAGNHEIDFV PDIGEIEPFK PFMNRYHTPH KASGSISPLW YSIKRASAYI IVMSCYSSYG IYTPQYKWLE 301: KELQGVNRTE TPWLIVLVHS PFYSSYVHHY MEGETLRVMY EQWFVKYKVD VVFAGHVHAY ERSERVSNIA YNIVNGLCEP ISDESAPIYI TIGDGGNSEG 401: LLTDMMQPQP KYSAFREASF GHGLLEIKNR THAYFSWNRN QDGNAVAADS VWLLNRFWRA QKKTWLDAF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)