AT2G27100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : C2H2 zinc-finger protein SERRATE (SE) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Identified as a leaf form mutant by Redei having serrated leaves. Further analysis of the single loss of function allele indicated pleiotropic effects extending to many aspects of shoot development such as taller meristems, alterations in phase transition, phyllotaxy and branching. Encodes a single zinc finger containing protein that is expressed in meristems and organ primordia. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SERRATE (SE); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: in 7 processes; LOCATED IN: cytosol, nuclear speck, nucleolus, nucleus, chloroplast; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Arsenite-resistance protein 2 (InterPro:IPR007042), Protein of unknown function DUF3546 (InterPro:IPR021933), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); Has 5797 Blast hits to 4596 proteins in 474 species: Archae - 2; Bacteria - 583; Metazoa - 2822; Fungi - 981; Plants - 712; Viruses - 137; Other Eukaryotes - 560 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:11572587..11576357 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 81102.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 720 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADVNLPPSD SVDNRLPEKS TSSSPPPPPP SSSLPQQEQE QDQQQLPLRR ERDSRERRDE RDIERPPPNR RERDRSPLPP PRRDYKRRPS LSPPPPYRDR 101: RHSPPQRRSP PQKRYRRDDN GYDGRRGSPR GGYGPPDRRF GYDHGGGYDR EMGGRPGYGD ERPHGRFMGR YQDWEGGRGG YGDASNSGNP QRDGLMSYKQ 201: FIQELEDDIL PSEAERRYQE YKSEYITTQK RAFFNTHKEE DWLKNKYHPT NLLSVIERRN DLAQKVAKDF LLDLQSGTLD LGPAVTALNK SGRTSEPNSE 301: DEAAGVGKRK RHGMGGAKEN ELLSAAPKAP SFTSDPKRIL TDVEQTQALV RKLDSEKKIE ENVLQGSETE KSGREKLHSG STGPVVIIRG LTSVKGLEGV 401: ELLDTLVTYL WRVHGLDYYG KVETNEAKGL RHVRAEGKVS DAKGDENESK FDSHWQERLK GQDPLEVMAA KEKIDAAATE ALDPHVRKIR DEKYGWKYGC 501: GAKGCTKLFH AAEFVYKHLK LKHTELVTEL TTKVREELYF QNYMNDPNAP GGQPATQQSG PRDRPIRRKP SMENRLRDDR GGRRERDGRA NGNDRNDRSE 601: DQQRGDNDGG NPGEVGYDAF GGQGGVHVPP FLSDINPPPM LMPVPGAGPL GPFVPAPPEV AMQMFRDPSG PNPPFEGSGR GGPAPFLLSP AFRQDPRRLR 701: SYQDLDAPEE EVTVIDYRSL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)