AT2G27020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 20S proteasome alpha subunit G1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes 20S proteasome alpha 7 subunit PAG1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
20S proteasome alpha subunit G1 (PAG1); FUNCTIONS IN: peptidase activity, endopeptidase activity, threonine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, response to cold, ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proteasome, alpha-subunit, conserved site (InterPro:IPR000426), Proteasome, subunit alpha/beta (InterPro:IPR001353); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 20S proteasome alpha subunit E2 (TAIR:AT3G14290.1); Has 5862 Blast hits to 5858 proteins in 463 species: Archae - 870; Bacteria - 9; Metazoa - 1980; Fungi - 1345; Plants - 774; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 884 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11528515..11530858 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27378.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 249 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSIGTGYDL SVTTFSPDGR VFQIEYAAKA VDNSGTVVGI KCKDGIVMGV EKLIASKMML PGSNRRIHSV HRHAGMAVAG LAADGRQIVA RAKSEARSYE 101: SVYGDAVPVK ELSERVASYV HLCTLYWWLR PFGCGVILGG YDRDGPQLYM IEPSGISYRY FGAAIGKGKQ AAKTEIEKLN LSEMTCKEGV IEVAKIIYKL 201: HDEAKDKAFE LEMSWICEES KREHQKVPDD LLEEAKTAAK TALEEMDAD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)