AT2G23980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cyclic nucleotide-gated channel 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Cyclic nucleotide gated channel family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cyclic nucleotide-gated channel 6 (CNGC6); FUNCTIONS IN: calmodulin binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclic nucleotide-binding (InterPro:IPR000595), Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG (InterPro:IPR003938), Ion transport (InterPro:IPR005821), Cyclic nucleotide-binding-like (InterPro:IPR018490), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710), IQ calmodulin-binding region (InterPro:IPR000048); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclic nucleotide gated channel 9 (TAIR:AT4G30560.1); Has 3569 Blast hits to 3382 proteins in 249 species: Archae - 0; Bacteria - 42; Metazoa - 1579; Fungi - 32; Plants - 1028; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 888 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:10201276..10204011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 85445.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 747 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFDTCGPKGV KSQVISGQRE NFVRLDSMDS RYSQSSETGL NKCTLNIQGG PKRFAQGSKA SSGSFKKGFR KGSEGLWSIG RSIGLGVSRA VFPEDLEVSE 101: KKIFDPQDKF LLLCNKLFVA SCILAVSVDP LFLYLPFIND KAKCVGIDRK LAIIVTTIRT VIDSFYLFHM ALRFRTAYVA PSSRVFGRGE LVIDPAQIAK 201: RYLQQYFIID LLSVLPVPQI IVWRFLYTSR GANVLATKQA LRYIVLVQYI PRFLRMYPLS SELKRTAGVF AETAWAGAAY YLLLYMLASH IVGALWYLLA 301: LERNNDCWSK ACHNNQNCTR NFLFCGNQNM KGYAAWDNIK VSYLQLKCPV NVPEDEEPPF DFGIYLRALS SGIVSSKNFV SKYFFCLWWG LQNLSTLGQG 401: LETSTYPGEV IFSITLAIAG LLLFALLIGN MQTYLQSLTI RLEEMRVKRR DSEQWMHHRM LPPELRERVR RYDQYKWLET RGVDEENLVQ NLPKDLRRDI 501: KRHLCLALVR RVPLFENMDE RLLDAICERL KPCLFTEKSY LVREGDPVNE MLFIIRGRLE SVTTDGGRSG FYNRSLLKEG DFCGDELLTW ALDPKSGSNL 601: PSSTRTVKAL TEVEAFALIA DELKFVASQF RRLHSRQVQH TFRFYSQQWR TWAACFMQAA WRRYIKRKKL EQLRKEEEEE EAAAASVIAG GSPYSIRATF 701: LASKFAANAL RSVHKNRTAK STLLLSSTKE LVKFQKPPEP DFSAEDH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)