AT2G23810.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : tetraspanin8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of TETRASPANIN family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tetraspanin8 (TET8); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: aging; LOCATED IN: plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetraspanin (InterPro:IPR018499), Tetraspanin, conserved site (InterPro:IPR018503), Tetraspanin, subgroup (InterPro:IPR000301); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tetraspanin9 (TAIR:AT4G30430.1); Has 603 Blast hits to 600 proteins in 63 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 159; Fungi - 0; Plants - 433; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 11 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:10135859..10137352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30659.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 273 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARCSNNLVG ILNFLVFLLS IPILAGGIWL SQKGSTECER FLDKPVIALG VFLMVVAIAG LIGSCCRVTW LLWVYLFVMF LLILLVFCIT VFAFVVTNKG 101: AGEAIEGKGY KEYKLGDYST WLQKRVENGK NWNKIRSCLV ESKVCSKLEA KFVNVPVNSF YKEHLTALQS GCCKPSDECG FEYVNPTTWT KNTTGTHTNP 201: DCQTWDNAKE KLCFDCQSCK AGLLDNVKSA WKKVAIVNIV FLVFLIIVYS VGCCAFRNNK RDDSYSRTYG YKP |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)