AT2G22870.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 2001 (EMB2001); FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GTP-binding protein, HSR1-related (InterPro:IPR002917), GTP-binding protein, ribosome biogenesis, YsxC (InterPro:IPR019987); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein (TAIR:AT5G11480.1); Has 7972 Blast hits to 7922 proteins in 2512 species: Archae - 103; Bacteria - 5806; Metazoa - 98; Fungi - 230; Plants - 215; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1520 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:9739476..9740921 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33693.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 300 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVLLLRYRSL TINLTPLIPK SQKFHTLQSF RNPNFISIPK ISASTNNPTT TTNRSISDAT KFAKSVLFIP PGVEIEELTD DMVLPGSNIV IGPFAGHSQI 101: KEVEFVKSSA RARDCPKDDR PEIAILGRSN VGKSSLINCL VRKKEVALTS KKPGKTQLIN HFLVNKSWYI VDLPGYGFAK VSDAAKTDWS AFTKGYFLNR 201: DSLVCVLLLI DASVPPQKID LDCANWLGRN NVPMTFVFTK CDKMKATKGK RPDENIKAFQ QIIRENFKVH PPWILTSSVS GLGRDELLLH MSQLRNYWDQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)