AT2G22310.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.948 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-specific protease 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a ubiquitin-specific protease. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-specific protease 4 (UBP4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2, conserved site (InterPro:IPR018200), Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 2 (InterPro:IPR001394); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-specific protease 3 (TAIR:AT4G39910.1); Has 8879 Blast hits to 7429 proteins in 247 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 4505; Fungi - 1682; Plants - 966; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1719 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:9476733..9478825 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41848.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 365 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGAAGSKLEK ALGDQFPEGE RYFGFENFGN TCYCNSVLQA LYFCAPFREQ LLEHYANNKA DAEENLLTCL ADLFSQISSQ KKKTGVIAPK RFVQRLKKQN 101: ELFRSYMHQD AHEFLNYLLN ELVEILEKET QATKADNETS SSPEKIANVL KAPLANGVHK EPIVTWVHKI FQGILTNETR CLRCETVTAR DETFLDLSLD 201: IEQNSSITSC LKNFSSTETL HAEDKFFCDK CCSLQEAQKR MKIKKPPHIL VIHLKRFKYM EQLGRYKKLS YRVVFPLELK LSNTVDEYVD IEYSLFAVVV 301: HVGSGPNHGH YVSLVKSHNH WLFFDDESVE IIEESAVQTF FGSSQEYSSN TDHGYILLYE SLGTR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)