AT2G22030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.943 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), Galactose oxidase/kelch, beta-propeller (InterPro:IPR011043), Kelch repeat type 1 (InterPro:IPR006652), Kelch related (InterPro:IPR013089), Kelch-type beta propeller (InterPro:IPR015915); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein (TAIR:AT2G44630.1); Has 1560 Blast hits to 1512 proteins in 124 species: Archae - 4; Bacteria - 61; Metazoa - 329; Fungi - 0; Plants - 1020; Viruses - 127; Other Eukaryotes - 19 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:9372530..9373681 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43476.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 383 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRRAINLINR NPRPYDIAAD QSSLLFSSLP YDVVLNCLAR VSRRYYPNLS CVSKSFQSLV RSPELAHMRS LIGKDDPVVY VCFSDTKPFL GRRLDWFTLN 101: PNEKKTSVLN SFQVFSYYML YCPSVSIGSK IYFVGGCMYK CLPGLLIFDS WSGELCVGPS MKEARMLPGV AVVNGKLYVM GGCREDQIQV EVFDPNSQTW 201: EVGPLSSDGE VRYGKGLMRY GAIVTEAVAL EGKVYCMSYK DGSHIIYDTK DGKCETFLMA DGKAWRRGGV CVVNSVIYVY YINLGVMWYD PKDKVWREVK 301: GLNKLDYKSI DMVGMVDCNG KLGFLWGNNT REIISGRTEK RIWCEMIVLE RSGVEIHGTV EWSDLVGFVP HDYEIWRCLG VSY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)