AT2G21940.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.999 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : shikimate kinase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
shikimate kinase 1 (SK1); FUNCTIONS IN: shikimate kinase activity, ATP binding; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Shikimate kinase (InterPro:IPR000623); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: shikimate kinase 2 (TAIR:AT4G39540.2); Has 7831 Blast hits to 7831 proteins in 2412 species: Archae - 26; Bacteria - 5482; Metazoa - 44; Fungi - 134; Plants - 162; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1983 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:9351106..9352881 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33983.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 303 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEAAITQRIQ YPSWVDCRKV ECKPQRGSLR YSQQVKVDRR FRGLSLARLQ PERRNDQRRA VSPAVSCSDN NSSALLETGS VYPFDEDILK RKAEEVKPYL 101: NGRSMYLVGM MGSGKTTVGK LMSKVLGYTF FDCDTLIEQA MNGTSVAEIF VHHGENFFRG KETDALKKLS SRYQVVVSTG GGAVIRPINW KYMHKGISIW 201: LDVPLEALAH RIAAVGTDSR PLLHDESGDA YSVAFKRLSA IWDERGEAYT NANARVSLEN IAAKRGYKNV SDLTPTEIAI EAFEQVLSFL EKEETMEIPD 301: GDL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)