AT2G21800.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : essential meiotic endonuclease 1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Forms a complex with MUS81 that functions as endonuclease in DNA recombination and repair processes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
essential meiotic endonuclease 1A (EME1A); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ERCC4 domain (InterPro:IPR006166); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: essential meiotic endonuclease 1B (TAIR:AT2G22140.1); Has 2270 Blast hits to 1760 proteins in 250 species: Archae - 0; Bacteria - 114; Metazoa - 736; Fungi - 365; Plants - 159; Viruses - 22; Other Eukaryotes - 874 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:9298196..9301745 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61241.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 546 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSDFILISDG EDEATPPPSK RARKNRTPTD LNLDTEPSLQ KQPPGSASTP FFLDETPLSD DVTVLKSSFG SGTGASSGRE NNFFGKRVIS LESDSEDSPG 101: PESSKKYEPV YTDSWKKPCR LEFGSSDANS DDDPSWMRRA SFQSSLSKDA IEVDSDHEKE DTGVEKMGRK KQTITSKSTS LSADSLPKKK MSKDEKTRAA 201: EEKKLQKEQE KLQKAASKAE DAEHKKLERE KQKWAKEKDK ALKCIVAWID NKVLEGSFGG LLISGLKEKC ITYHVTTNPI QRSIVWTMTL PEDIAQSLPL 301: GSKIPYVLLL YEAEDFCNLV AKKELLENVY RVRDEYPSYT MCYLTNKLLS YVNKKERVEY KDPVNGCGWR KPPIDEAIAK LSTHYIGVHS RHCVDEAEVA 401: DHVVRLTSSL AHCQVRKKLT RLSVYADGTL MSKNAADKHL IRESIWLKVL VAIPKVQPRY AIAVSKKYPS LKSLLKVYMD PNISVHEKEF LLKDLKVENL 501: VGRDTSVGEA CSKRIYRVLM SLDGTIKTDD VENGAASFTL PPSDLI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)