AT2G20540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : mitochondrial editing factor 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a pentatricopeptide repeat protein (PPR) protein involved in mitochondrial mRNA editing. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
mitochondrial editing factor 21 (MEF21); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein (TAIR:AT5G56310.1); Has 36443 Blast hits to 13667 proteins in 251 species: Archae - 0; Bacteria - 21; Metazoa - 39; Fungi - 110; Plants - 35693; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 580 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:8844160..8845764 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60883.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 534 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAFHGIREVE NYFIPFLQRV KSRNEWKKIN ASIIIHGLSQ SSFMVTKMVD FCDKIEDMDY ATRLFNQVSN PNVFLYNSII RAYTHNSLYC DVIRIYKQLL 101: RKSFELPDRF TFPFMFKSCA SLGSCYLGKQ VHGHLCKFGP RFHVVTENAL IDMYMKFDDL VDAHKVFDEM YERDVISWNS LLSGYARLGQ MKKAKGLFHL 201: MLDKTIVSWT AMISGYTGIG CYVEAMDFFR EMQLAGIEPD EISLISVLPS CAQLGSLELG KWIHLYAERR GFLKQTGVCN ALIEMYSKCG VISQAIQLFG 301: QMEGKDVISW STMISGYAYH GNAHGAIETF NEMQRAKVKP NGITFLGLLS ACSHVGMWQE GLRYFDMMRQ DYQIEPKIEH YGCLIDVLAR AGKLERAVEI 401: TKTMPMKPDS KIWGSLLSSC RTPGNLDVAL VAMDHLVELE PEDMGNYVLL ANIYADLGKW EDVSRLRKMI RNENMKKTPG GSLIEVNNIV QEFVSGDNSK 501: PFWTEISIVL QLFTSHQDQD VITNNNALAF IGIV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)