AT2G20420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ATP citrate lyase (ACL) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ATP citrate lyase (ACL) family protein; FUNCTIONS IN: succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity, copper ion binding, ATP binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, metabolic process; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Succinyl-CoA synthetase, beta subunit (InterPro:IPR005809), Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site (InterPro:IPR017866), ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase (InterPro:IPR005811), ATP-grasp fold (InterPro:IPR011761), ATP-grasp fold, subdomain 2 (InterPro:IPR013816), ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type (InterPro:IPR013650), Succinyl-CoA synthetase-like (InterPro:IPR016102); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATP-citrate lyase A-1 (TAIR:AT1G10670.4); Has 9337 Blast hits to 9333 proteins in 2108 species: Archae - 181; Bacteria - 4147; Metazoa - 466; Fungi - 228; Plants - 81; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4234 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:8805574..8807858 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45348.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 421 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRGLVNKLVS RSLSISGKWQ NQQLRRLNIH EYQGAELMGK YGVNVPKGVA ASSLEEVKKA IQDVFPNESE LVVKSQILAG GRGLGTFKSG LKGGVHIVKR 101: DEAEEIAGKM LGQVLVTKQT GPQGKVVSKV YLCEKLSLVN EMYFSIILDR KSAGPLIIAC KKGGTSIEDL AEKFPDMIIK VPIDVFAGIT DEDAAKVVDG 201: LAPKAADRKD SIEQVKKLYE LFRKTDCTML EINPLAETST NQLVAADAKL NFDDNAAFRQ KEVFAMRDPT QEDPREVAAA KVDLNYIGLD GEIGCMVNGA 301: GLAMATMDII KLHGGTPANF LDVGGNASEH QVVEAFKILT SDDKVKAILV NIFGGIMKCD VIASGIVNAA KEVALKVPVV VRLEGTNVEQ GKRILKESGM 401: KLITADDLDD AAEKAVKALA H |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)