AT2G19830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 ASURE: golgi What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SNF7 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SNF7.2; INVOLVED IN: vesicle-mediated transport; LOCATED IN: ESCRT III complex, plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Snf7 (InterPro:IPR005024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNF7 family protein (TAIR:AT4G29160.3); Has 1789 Blast hits to 1789 proteins in 248 species: Archae - 16; Bacteria - 15; Metazoa - 681; Fungi - 406; Plants - 433; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 238 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:8558101..8559389 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24015.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 213 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFMNRLFGKP KQETSTLQTL DKLNETLEML EKKENVLLKK ATGEVEKAKE FSRAKNKRAA IQCLKRKRLY EQQVEQLGNF QLRIHDQMIM LEGAKATTET 101: VDALRTGASA MKAMQKATNI DDVDKTMDEI NEQTENMKQI QEALSAPFGA NDFDEDELEA ELDELEGAEL EEQLLQPVPI HVPQGNKPAR APAQKQPTAE 201: EDELAALQAE MAL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)