AT2G19810.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CCCH-type zinc finger family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
CCCH-type zinc finger family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein (TAIR:AT4G29190.1); Has 721 Blast hits to 690 proteins in 126 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 152; Fungi - 6; Plants - 412; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 151 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:8550419..8551498 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39847.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 359 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMIGESHRGF NPTVHIPPWP LSEDLTVSDI YGSPDGGSSM MEALAELQRY LPSNEPDPDS DPDLSGPDSP IDAYTCDHFR MYEFKVRRCA RGRSHDWTEC 101: PYAHPGEKAR RRDPRKFHYS GTACPEFRKG CCKRGDACEF SHGVFECWLH PARYRTQPCK DGGNCRRRVC FFAHSPDQIR VLPNQSPDRV DSFDVLSPTI 201: RRAFQFSISP SSNSPPVSPR GDSDSSCSLL SRSLGSNLGN DVVASLRNLQ LNKVKSSLSS SYNNQIGGYG SGFGSPRGSV LGPGFRSLPT TPTRPGFMNI 301: WENGLEEEPA MERVESGREL RAQLFEKLSK ENCMGRIEPD PDQGAGDTPD VGWVSDLVM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)