AT2G19790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.914 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SNARE-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SNARE-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: protein transporter activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, transport, protein transport; LOCATED IN: clathrin vesicle coat; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Adaptor protein complex, sigma subunit (InterPro:IPR016635), Longin-like (InterPro:IPR011012); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNARE-like superfamily protein (TAIR:AT1G47830.1); Has 1921 Blast hits to 1920 proteins in 249 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 856; Fungi - 405; Plants - 316; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 344 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:8527302..8528395 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16921.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 143 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGIRFILMVN KQGQTRLAQY YEWLTLEERR ALEGEIVRKC LARNDQQCSF VEHRNYKIVY RRYASLFFMV GVDDDENELA ILEFIHLLVE TMDKHFGNVC 101: ELDIMFHLEK AHFMLEEMVM NGCIVETSKA NILSPIQLMD KAH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)