AT2G18880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : vernalization5/VIN3-like | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
vernalization5/VIN3-like (VEL2); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Fibronectin, type III (InterPro:IPR003961); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: vernalization5/VIN3-like (TAIR:AT4G30200.3); Has 278 Blast hits to 186 proteins in 23 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 278; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:8176386..8178788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59836.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 529 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASFHKGAAG DSMGSSKMSF DQRRQLVLKL SKESEREFKE VLKDWSCNEI RELLRAESKK DIKYTGLTKD EIITRLFNIV SKKNTRDHEV EEIIPSPKRQ 101: KRDLVTPLAK AKGKGKMYCQ NLACQNKLRE EATFCKRCSC CICFKYDDNK DPSLWLTCNS DSQFDGESCG LSCHLNCAFD SEKSGLKEDT PSSDIDGCFN 201: CVSCGKTNSK IECLKKQLII ANEERRVGVF CYRILLAHKL LKGTKKYIIV SEEVEKAVMH LKNEFGVPIS CLPSKMSRGL VNRLCCAEKV KKHCSSALKE 301: LDGLPLPSTI QGSMKIRIES VLATSVTFDI EAEESFSWGD TNHYRMVYRK VSEKHSSKDL TRELFSTSSH QRFTVMELTP ATEYWFKIVS FSGVEELSVD 401: EFIVSTKTLQ DEEVAAVLLN MSNCNNANKM EKSGSCSFGF EECVNLIRQL ECSGQVKSDF RKKFLTWYCL KATDKEKHVV EIFVDTFKDD KEALAKQLID 501: TFSDCITRKH PEIGGGSESA GVSLILLQD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)