AT2G18710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SECY homolog 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a component of the thylakoid-localized Sec system involved in the translocation of cytoplasmic proteins into plastid. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SECY homolog 1 (SCY1); FUNCTIONS IN: P-P-bond-hydrolysis-driven protein transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: protein secretion, protein transport; LOCATED IN: chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SecY protein (InterPro:IPR002208); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SecY protein transport family protein (TAIR:AT2G31530.1); Has 9180 Blast hits to 9165 proteins in 2700 species: Archae - 72; Bacteria - 5385; Metazoa - 19; Fungi - 2; Plants - 102; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3600 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:8112231..8114452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59495.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 551 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MITVSEVSSY SSSSSNFASL SRLNHKSSSR LRSSSLYKGS FFSVSTKTRR NTCKAKSWNL GLVINSRSSE ASVFDPLGIN PDETSGLSSI WESFVSLLSP 101: SFESSSGNRR DKPSSGRGVA AAIEDSSIDF GDFFKGPLPG KFLKLLGFLA LSRLGIYIPL GGVNREAFVG NLDQNSILST LDTFSGGGIG RLGICSLGIV 201: PFINAQIVFQ LLAQVYPKLQ DLQKKEGEAG RKKILQYTRY ASVGFAIVQA IGQVFYLRPY VNDFSTEWVV SSVTLLTLGS VLTTYIGERI SDLKLGNGTS 301: LLIFTSIISY LPASFGRTTA EALQEGNYTG LGTIVVSFLL LVLGIVYVQE AERKIPLNYA SRYTSKAGGL QKSAYLPFKV NSAGVMPIIF STSSLALPAT 401: LARFTGISAL KNVAFALTPG GSFYLPTNIL LIAFFNYYYT FLQLDPDDVS EQLKRQGASI PLVRPGKSTA LFIKTVLGRI SVLGSAFLAV LAAGPAVVEQ 501: ITHLTAFRGF AGTSVLILVG CATDTARKVQ AEIISQKYKN IEFYELDKYD P |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)