AT2G18620.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Terpenoid synthases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Terpenoid synthases superfamily protein; INVOLVED IN: isoprenoid biosynthetic process; EXPRESSED IN: root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Polyprenyl synthetase-related (InterPro:IPR017446), Terpenoid synthase (InterPro:IPR008949), Polyprenyl synthetase (InterPro:IPR000092); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: geranylgeranyl pyrophosphate synthase 1 (TAIR:AT4G36810.1); Has 16483 Blast hits to 16473 proteins in 2930 species: Archae - 341; Bacteria - 9386; Metazoa - 255; Fungi - 376; Plants - 452; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 5661 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:8078317..8079360 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37392.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 347 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTTLNLSIFP SVKISSSASI PGFIKIQPFL LRRKLSTVLS VTARDEGIIH NHFDFTSYMI GKANAVNEAL DSAVSLREPI KIHEAIRYSL LARGKRVRPV 101: LCIAACELVG GEESVALPAA CAVEMIHTMS LIHDDLPCMD NDDLRRGKPT NHKVFGEDVA VLAGDALISF AFEHLATSTA VSPARVVRAI GELAKAIGSK 201: GLVAGQVVDL TSGGMDQNDV GLEVLEFIHV HKTAVLLEAA TVLGAIVGGG SDEEVEKLRR FARCIGLLFQ VVDDILDVTK SSEELGKTAG KDLIADKLTY 301: PKLMGLEKSK DFADKLLSDA HEQLHGFDSS RVKPLLALAN YIAKRQN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)