AT2G17900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SET domain group 37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Homology Subgroup S-ET - Protein containing an interrupted SET domain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SET domain group 37 (SDG37); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, MYND-type (InterPro:IPR002893), SET domain (InterPro:IPR001214); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histone-lysine N-methyltransferase ATXR2 (TAIR:AT3G21820.1); Has 2797 Blast hits to 2717 proteins in 229 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1313; Fungi - 588; Plants - 382; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 507 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:7773420..7776675 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54830.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 480 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADLQRFLQD RCLGVSNLPQ KGRSLFTARD FRPGEVILSQ KPYICVPNNT SSESRCDGCF KTNNLKKCSA CQVVWYCGSS CQKSEWKLHR DECKALTRLE 101: KEKRKFVTPT IRLMVRLYIK RNLQNEKVLP ITTTDNYSLV EALVSHMSEI DEKQMLLYAQ MANLVNLILQ FPSVDLREIA ENFSKFSCNA HSICDSELRP 201: QGIGLFPLVS IINHSCSPNA VLVFEEQMAV VRAMDNISKD SEITISYIET AGSTLTRQKS LKEQYLFHCQ CARCSNFGKP HDIEESAILE GYRCANEKCT 301: GFLLRDPEEK GFVCQKCLLL RSKEEVKKLA SDLKTVSEKA PTSPSAEDKQ AAIELYKTIE KLQVKLYHSF SIPLMRTREK LLKMLMDVEI WREALNYCRL 401: IVPVYQRVYP ATHPLIGLQF YTQGKLEWLL GETKEAVSSL IKAFDILRIS HGISTPFMKE LSAKLEEARA EASYKQLALH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)