AT2G17520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Endoribonuclease/protein kinase IRE1-like | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a endoribonuclease/protein kinase IRE1-like protein that is predicted to form a type I transmembrane protein structure and contain kinase/endoribonuclease domains at their C-terminal halves. The transcript levels for several ER-stress responsive genes, including six protein disulfide isomerases (PDIs), BiP2, and AtbZIP60 are not affected in ire1-2 null mutants. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
IRE1A; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), KEN domain, ribonuclease activator (InterPro:IPR010513), PUG domain (InterPro:IPR006567), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: inositol requiring 1-1 (TAIR:AT5G24360.1); Has 104790 Blast hits to 103944 proteins in 4127 species: Archae - 110; Bacteria - 12550; Metazoa - 37627; Fungi - 10369; Plants - 27162; Viruses - 328; Other Eukaryotes - 16644 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:7617504..7620929 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 95143.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 841 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPPRCPFLRH LFFLLLLLSP WIMSPCGGAA DDVTYPIVPS SPGRRSILQI RREPPTEPNT KLVVDRDGKV FLKQQPKETP YWSFSTGSPM HSLYQAPANN 101: NTENATEITR PHIIVEYLNN SKAATTVDGY HNWTVQEFFR QKPLVTDDGV TLGSETTSAY LVDGRSGRLI HVYKSTGDTK ITNALVKPAS TEDFVNEPLL 201: IRRTDSKLEH FSKTTGKLVW NLTVSHFRAA LLCDPVFNSG YDLGPKLQTG IYMPLLCGSQ IDVRGPEIVI RVLHDQPMNV KMLPSPSLNH FESENSIMPF 301: GKARESRKLQ EQHKQKYTYL FGQWSPVKLL APLVLLGVVV SVFIKKFSSR GSDVSLKAGP SKKKKNRKSA KDTNRQSVPR GQDQFELIEG GQMLLGFNNF 401: QSGATDGRKI GKLFLSSKEI AKGSNGTVVF EGIYEGRPVA VKRLVRSHHE VAFKEIQNLI ASDQHTNIIR WYGVEYDQDF VYLSLERCTC SLDDLIKSYL 501: EFSMTKVLEN NDSTEGVAAY KIQLDSLEGV IKGNNFWKVG GHPSPLMLKL MRDIVCGIVH LHELGIVHRD LKPQNVLISK DMTLSAKLSD MGISKRMSRD 601: MSSLGHLATG SGSSGWQAPE QLLQGRQTRA VDMFSLGCVI FYTITGCKHP FGDDLERDVN IVKNKVDLFL VEHVPEASDL ISRLLNPDPD LRPSATEVLL 701: HPMFWNSEMR LSFLRDASDR VELENREADS EILKAMESTA PVAIGGKWDE KLEPVFITNI GRYRRYKYDS IRDLLRVIRN KLNHHRELPP EIQELVGTVP 801: EGFDEYFAVR FPKLLIEVYR VISLHCREEE VFRKYFKCDI I |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)