AT2G16500.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : arginine decarboxylase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a arginine decarboxylase (ADC), a rate-limiting enzyme that catalyzes the first step of polyamine (PA) biosynthesis via ADC pathway in Arabidopsis thaliana. Arabidopsis genome has two ADC paralogs, ADC1 and ADC2. Double mutant analysis showed that ADC genes are essential for the production of PA, and are required for normal seed development. Promoter region of ADC1 contains 742-bp AT-rich transposable element, called AtATE, that belongs to the MITE families of repetitive elements. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
arginine decarboxylase 1 (ADC1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal (InterPro:IPR022643), Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site (InterPro:IPR022657), Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site (InterPro:IPR022653), Ornithine/DAP/Arg decarboxylase (InterPro:IPR000183), Arginine decarboxylase (InterPro:IPR002985), Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal (InterPro:IPR022644); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: arginine decarboxylase 2 (TAIR:AT4G34710.2); Has 7460 Blast hits to 7389 proteins in 2069 species: Archae - 108; Bacteria - 5016; Metazoa - 91; Fungi - 35; Plants - 637; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 1571 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:7150796..7152904 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 76179.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 702 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPALAFVDTP IDTFSSIFTP SSVSTAVVDG SCHWSPSLSS SLYRIDGWGA PYFAANSSGN ISVRPHGSNT LPHQDIDLMK VVKKVTDPSG LGLQLPLIVR 101: FPDVLKNRLE CLQSAFDYAI QSQGYDSHYQ GVYPVKCNQD RFIIEDIVEF GSGFRFGLEA GSKPEILLAM SCLCKGNPEA FLVCNGFKDS EYISLALFGR 201: KLELNTVIVL EQEEELDLVI DLSQKMNVRP VIGLRAKLRT KHSGHFGSTS GEKGKFGLTT VQILRVVRKL SQVGMLDCLQ LLHFHIGSQI PSTALLSDGV 301: AEAAQLYCEL VRLGAHMKVI DIGGGLGIDY DGSKSGESDL SVAYSLEEYA AAVVASVRFV CDQKSVKHPV ICSESGRAIV SHHSVLIFEA VSAGQQHETP 401: TDHQFMLEGY SEEVRGDYEN LYGAAMRGDR ESCLLYVDQL KQRCVEGFKE GSLGIEQLAG VDGLCEWVIK AIGASDPVLT YHVNLSVFTS IPDFWGIDQL 501: FPIVPIHKLD QRPAARGILS DLTCDSDGKI NKFIGGESSL PLHEMDNNGC SGGRYYLGMF LGGAYEEALG GVHNLFGGPS VVRVLQSDGP HGFAVTRAVM 601: GQSSADVLRA MQHEPELMFQ TLKHRAEEPR NNNNKACGDK GNDKLVVASC LAKSFNNMPY LSMETSTNAL TAAVNNLGVY YCDEAAAGGG GKGKDENWSY 701: FG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)