AT2G16060.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
onion epidermal cell layer (peroxisomal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : hemoglobin 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a class 1 nonsymbiotic hemoglobin induced by low oxygen levels with very high oxygen affinity. It is not likely to be a hemoglobin transporter because of its extremely high affinity for oxygen. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
hemoglobin 1 (HB1); FUNCTIONS IN: oxygen binding; INVOLVED IN: response to hypoxia; LOCATED IN: cell wall, plasma membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Leghaemoglobin (InterPro:IPR001032), Globin-like (InterPro:IPR009050), Leghaemoglobin, iron-binding site (InterPro:IPR019824), Globin, subset (InterPro:IPR000971), Globin (InterPro:IPR012292); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: haemoglobin 2 (TAIR:AT3G10520.1); Has 783 Blast hits to 745 proteins in 194 species: Archae - 0; Bacteria - 173; Metazoa - 274; Fungi - 3; Plants - 318; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 15 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:6982782..6983522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 18035.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 160 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESEGKIVFT EEQEALVVKS WSVMKKNSAE LGLKLFIKIF EIAPTTKKMF SFLRDSPIPA EQNPKLKPHA MSVFVMCCES AVQLRKTGKV TVRETTLKRL 101: GASHSKYGVV DEHFEVAKYA LLETIKEAVP EMWSPEMKVA WGQAYDHLVA AIKAEMNLSN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)