AT2G13540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 endoplasmic reticulum 0.000 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ARM repeat superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a nuclear cap-binding protein that forms a heterodimeric complex with CBP20 and is involved in ABA signaling and flowering. Mutants are early flowering and exhibit hypersensitive response to ABA in germination inhibition.Loss of ABH1 function results in abnormal processing of mRNAs for several important floral regulators (FLC, CO, FLM). Analysis of loss of function mutations suggests a role in pri-miRNA processing and mRNA splicing. Note that two different mutant alleles were given the same name abh1-7 (Kuhn et al 2007; Kim et al 2008). To avoid confusion, abh1-7 described in Kim et al (2008) has been renamed abh1-107 (other names: ensalada-1, ens-1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ABA HYPERSENSITIVE 1 (ABH1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: MIF4G-like, type 2 (InterPro:IPR015174), MIF4G-like, type 1 (InterPro:IPR015172), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024), MIF4G-like, type 3 (InterPro:IPR003890), MIF4-like, type 1/2/3 (InterPro:IPR016021); Has 514 Blast hits to 510 proteins in 229 species: Archae - 0; Bacteria - 96; Metazoa - 188; Fungi - 131; Plants - 55; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 44 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:5637053..5642813 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 96553.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 848 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNWKTLLLR IGEKGPEYGT SSDYKDHIET CFGVIRREIE RSGDQVLPFL LQCAEQLPHK IPLYGTLIGL LNLENEDFVQ KLVESVHANF QVALDSGNCN 101: SIRILLRFMT SLLCSKVIQP ASLIVVFETL LSSAATTVDE EKGNPSWQPQ ADFYVICILS SLPWGGSELA EQVPDEIERV LVGIQAYLSI RKNSSTSGLN 201: FFHNGEFESS LAEKDFVEDL LDRIQSLASN GWKLESVPRP HLSFEAQLVA GKFHELRPIK CMEQPSPPSD HSRAYSGKQK HDALTRYPQR IRRLNIFPAN 301: KMEDVQPIDR FVVEEYLLDV LFYLNGCRKE CASYMANLPV TFRYEYLMAE TLFSQILLLP QPPFKTLYYT LVIMDLCKAL PGAFPAVVAG AVRALFEKIS 401: DLDMESRTRL ILWFSHHLSN FQFIWPWEEW AFVLDLPKWA PKRVFVQEIL QREVRLSYWD KIKQSIENAT ALEELLPPKA GPNFMYSLEE GKEKTEEQQL 501: SAELSRKVKE KQTARDMIVW IEETIYPVHG FEVTLTIVVQ TLLDIGSKSF THLVTVLERY GQVFSKLCPD NDKQVMLLSQ VSTYWKNNVQ MTAVAIDRMM 601: GYRLVSNQAI VRWVFSPENV DQFHVSDQPW EILGNALNKT YNRISDLRKD ISNITKNVLV AEKASANARV ELEAAESKLS LVEGEPVLGE NPAKMKRLKS 701: TVEKTGEAEL SLRESLEAKE ALLNRALSET EVLLLLLFQS FLGVLKERLP DPTKVRSVQD LKSIGAEDDK PSAMDVDSEN GNPKKSCEVG EREQWCLSTL 801: GYLTAFTRQY ASEIWPHMEK LESEVFSGED VHPLFLQAIS SALQFPLH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)