AT2G04880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : zinc-dependent activator protein-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes WRKY1, a member of the WRKY transcription factors in plants involved in disease resistance, abiotic stress, senescence as well as in some developmental processes. WRKY1 is involved in the salicylic acid signaling pathway. The crystal structure of the WRKY1 C-terminal domain revealed a zinc-binding site and identified the DNA-binding residues of WRKY1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
zinc-dependent activator protein-1 (ZAP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding WRKY (InterPro:IPR003657); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: WRKY family transcription factor family protein (TAIR:AT4G26640.2); Has 5944 Blast hits to 3097 proteins in 197 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 9; Fungi - 0; Plants - 5898; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 37 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:1718557..1720219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54013.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 487 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEVGKVLAS DMELDHSNET KAVDDVVATT DKAEVIPVAV TRTETVVESL ESTDCKELEK LVPHTVASQS EVDVASPVSE KAPKVSESSG ALSLQSGSEG 101: NSPFIREKVM EDGYNWRKYG QKLVKGNEFV RSYYRCTHPN CKAKKQLERS AGGQVVDTVY FGEHDHPKPL AGAVPINQDK RSDVFTAVSK GEQRIDIVSL 201: IYKLCIVSYD IMFVEKTSGS SVQTLRQTEP PKIHGGLHVS VIPPADDVKT DISQSSRITG DNTHKDYNSP TAKRRKKGGN IELSPVERST NDSRIVVHTQ 301: TLFDIVNDGY RWRKYGQKSV KGSPYPRSYY RCSSPGCPVK KHVERSSHDT KLLITTYEGK HDHDMPPGRV VTHNNMLDSE VDDKEGDANK TPQSSTLQSI 401: TKDQHVEDHL RKKTKTNGFE KSLDQGPVLD EKLKEEIKER SDANKDHAAN HAKPEAKSDD KTTVCQEKAV GTLESEEQKP KTEPAQS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)