AT2G04660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : anaphase-promoting complex/cyclosome 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
a highly conserved ubiquitin-protein ligase involved in cell cycle regulation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
anaphase-promoting complex/cyclosome 2 (APC2); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, ubiquitin protein ligase binding; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cullin homology (InterPro:IPR016158), Anaphase promoting complex subunit 2 (InterPro:IPR014786), Cullin, N-terminal (InterPro:IPR001373); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cullin4 (TAIR:AT5G46210.1); Has 1400 Blast hits to 1393 proteins in 217 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 534; Fungi - 454; Plants - 255; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 157 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:1624933..1629039 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 97795.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 865 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEALGSSDCN LEILETLSDD AIQEITESYD GFFTTVESLI AGTGDSLVED EFVSHVYCLC KYGLDSLVRD HFLRSLEQAF EKGGASSFWQ HFDAYSEKKH 101: HNYGEEIQIV LCKALEEISI EKQYHEKCLS IVVHALQSFK EQSSDDRQNS DTERVHLFSR FQSMLSSTLM TTLPQHFPEI LHWYFKERLE ELSAIMDGDG 201: IEEQEDDCMD LDEKLRYKNG EMDVDEGCSQ GKRLGHDKLV KNIGKVVRDL RSIGFTSMAE NAYASAIFLL LKAKVHDLAG DDYRTSVLES IKEWIQTVPL 301: QFLNALLSYL GDSVSYGTTS SGLTSPLACC PSPSFSRVVT PSEGIVRWKL RLEYFAYETL QDLRIAKLFE IIVDYPESSP AIEDLKQCLE YTGQHSKLVE 401: SFISSLKYRL LTAGASTNDI LHQYVSTIKA LRAIDPAGVF LEAVGEPIRD YLRGRKDTIK CIVTMLTDGS GGNANGSGNP GDSLLEELMR DEESQENVGF 501: DDDFHTDDKQ AWINASRWEP DPVEADPLKG SLSQRKVDIL GMLVDIIGSK EQLVNEYRVM LAEKLLNKTD YDIDTEIRTV ELLKIHFGEA SMQRCEIMLN 601: DLIDSKRVNT NIKKASQTGA ELRENELSVD TLTSTILSTN FWPPIQDEPL ELPGPVDKLL SDYANRYHEI KTPRKLLWKK NLGTVKLELQ FEDRAMQFTV 701: SPTHAAIIMQ FQEKKSWTYK DLAEVIGIPI DALNRRVNFW ISKGVLREST GANSNSSVLT LVESITDSGK NEGEELLTGE EEGETSIASV EDQLRKEMTI 801: YEKFIMGMLT NFGSMALERI HNTLKMFCVA DPSYDKSLQQ LQSFLSGLVS EEKLEFRDGM YLLKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)