AT2G04530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Metallo-hydrolase/oxidoreductase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with RNAse Z activity suggesting a role in tRNA processing. Protein contains a signal sequence for import into the chloroplast. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CPZ; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Beta-lactamase-like (InterPro:IPR001279); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tRNAse Z1 (TAIR:AT1G74700.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:1576808..1578611 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39953.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 354 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQLSSSFPIS PPKIFPSTKH HKPPVITHQL AAQIQSNRRH FVSPVKVSGY FSSISRAIEE EEEYRKARAA VNRKGVELES YAIEGISVGG HETCVIVPEL 101: KCVFDIGRCP SRAIQQKFLF ITHAHLDHIG GLPMYVASRG LYNLEPPKIF VPPSIKEDVE KLLEIHRTMG QVELNVELIP LAVGETYELR NDIVVRPFAT 201: HHVIPSQGYV IYSVRKKLQK QYAHLKGKQI EKIKKSGVEI TDTILSPEIA FTGDTTSEYM LDPRNADALR AKVLITEATF LDESFSTEHA QALGHTHISQ 301: IIENAKWIRS KTVLLTHFSS RYHVEEIREA VLKLQSKVSA KVIPLTEGFR SRYS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)