AT2G04240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.551 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a small protein with an N-terminal trans-membrane domain and a RING-H2 zinc finger motif located at the C-terminus. Gene expression is induced by salt and osmotic stress. Transcrips levels are induced by DELLA proteins and repressed by gibberellic acid. Involved in ABA metabolism. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
XERICO; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: brassinosteroid-responsive RING-H2 (TAIR:AT3G61460.1); Has 7967 Blast hits to 7952 proteins in 266 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1949; Fungi - 661; Plants - 4072; Viruses - 19; Other Eukaryotes - 1266 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:1461816..1462304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17928.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 162 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGLSSLPGPS EGMLCVILVN TALSISIVKG IVRSFLGIVG ISLSPSSSSP SSVTVSSENS STSESFDFRV CQPESYLEEF RNRTPTLRFE SLCRCKKQAD 101: NECSVCLSKF QGDSEINKLK CGHLFHKTCL EKWIDYWNIT CPLCRTPLVV VPEDHQLSSN VW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)