AT2G03190.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.960 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : SKP1-like 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
one of SKP1 homologs. Gene is expressed specifically in the silique. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SKP1-like 16 (SK16); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: E3 ubiquitin ligase, SCF complex, Skp subunit (InterPro:IPR016897), SKP1 component, dimerisation (InterPro:IPR016072), SKP1 component (InterPro:IPR001232), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), SKP1 component, POZ (InterPro:IPR016073); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SKP1-like 14 (TAIR:AT2G03170.1); Has 1394 Blast hits to 1390 proteins in 267 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 520; Fungi - 175; Plants - 526; Viruses - 11; Other Eukaryotes - 162 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:964232..964744 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19399.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 3.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 170 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSNKIVLTS SDDESFEVEE AVARKLKVIA HMIDDDCADK AIPLENVTGN ILALVIEYCK KHVLDDVDDS DDSTEATSEN VNEEAKNELR TWDAEFMKEF 101: DMETVMKLIL AVNYLNVQDL LGLTCQTVAD HMKDMSPEEV RELFNIENDY TPEEEDAIRK ENAWAFEDLK |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)